El TS se pronuncia sobre la fuerza de los informes de los funcionarios que reconocen el derecho a la deducción en la cuota íntegra del Impuesto sobre Sociedades por actividades de innovación tecnológica

Declara la Sala que, en aplicación del art. 35.4 del TRLIS de 2004, el informe para la deducción por innovación tecnológica vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto, sino también en las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano al que se consulta, hayan sido objeto de evaluación positiva.

Iustel

Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, o los requisitos para gozar de un derecho, vinculante por ministerio de la Ley para la Administración emisora, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración. Aun cuando tal contradicción, en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica pudiera ser hecha valer por la Administración fiscal mediante prueba, no es aceptable la prueba auto creada en su mismo seno. Se concluye que, aun cuando se aceptara que es posible tal prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un Tribunal de justicia entre los documentos que se integran en el expediente administrativo.

TRIBUNAL SUPREMO

Sala de lo Contencioso-Administrativo

Sección 2.ª

Sentencia 1567/2024, de 08 de octubre de 2024

RECURSO DE CASACIÓN Núm: 948/2023

Ponente Excmo. Sr. FRANCISCO JOSE NAVARRO SANCHIS

En Madrid, a 8 de octubre de 2024.

Esta Sala ha visto, constituida en su Sección Segunda por los Excmos. Sres. Magistrados que figuran indicados al margen, el recurso de casación n.º 948/2023, interpuesto por la procuradora doña María Cruz Ortiz Gutiérrez, en nombre y representación de la sociedad CECABANK, S.A, contra la sentencia de 23 de noviembre de 2022, dictada por la Sección Segunda de la Sala de lo Contencioso- Administrativo de la Audiencia Nacional en el recurso n.º 431/2020. Ha comparecido como recurrido el Abogado del Estado, en la representación que legalmente ostenta de la ADMINISTRACIÓN GENERAL DE ESTADO.

Ha sido ponente el Excmo. Sr. D. Francisco José Navarro Sanchís.

ANTECEDENTES DE HECHO

PRIMERO.- Resolución recurrida en casación y hechos del litigio.

1. Este recurso de casación tiene por objeto la mencionada sentencia de 23 de noviembre de 2022, en que se acuerda, literalmente, lo siguiente:

"[...] Estimar en parte el recurso contencioso-administrativo interpuesto por la representación procesal de Cecabank, S.A. contra la Resolución del Tribunal Económico-Administrativo Central de 3 de diciembre de 2019... y, en consecuencia:

PRIMERO. - Anulamos la citada resolución, por no ser conforme a Derecho, única y exclusivamente en los términos expresados en el fundamento de derecho tercero de esta sentencia, con las consecuencias legales inherentes a dicha declaración.

SEGUNDO.- En todo lo demás, el recurso contencioso-administrativo debe ser desestimado.

TERCERO.- Sin costas, debiendo cada parte soportar las causadas a su instancia y las comunes por mitad [...]".

SEGUNDO.- Preparación y admisión del recurso de casación.

1. Notificada la sentencia, la procuradora doña M.ª Cruz Ortiz Gutiérrez, en nombre y representación de la entidad mercantil CECABANK, S.A., presentó escrito de preparación de recurso de casación el 25 de enero de 2023.

2. Tras justificar los requisitos reglados de plazo, legitimación y recurribilidad de la sentencia, se identifican como infringidos el artículo 35.2.b) del Real Decreto Legislativo 4/2004, de 5 de marzo, que aprueba el Texto Refundido de la Ley del Impuesto sobre Sociedades (TRLIS) -hoy art. 35 de la Ley 27/2014, de 27 de noviembre, del Impuesto sobre Sociedades (LIS)-; el artículo 9.3 de la Constitución española, sobre el principio de seguridad jurídica, en relación con el artículo 3.1.e) de la Ley 40/2015, de 1 de octubre, de Régimen Jurídico del Sector Público (LRJSP) artículo 14 CE; artículo 24 CE; artículos 60, 61 y 65 de la Ley 29/1998, de 13 de julio, de la Jurisdicción Contencioso-Administrativa (LJCA); y artículo 118 de la Ley 39/2015, de 1 de octubre, del Procedimiento Administrativo Común de las Administraciones Públicas (LPAC).

3. La Sala a quo tuvo por preparado el recurso de casación mediante auto de 3 de febrero de 2023, que ordenó el emplazamiento de las partes para comparecer ante este Tribunal Supremo. La procuradora Sra. Ortiz Gutiérrez, en la citada representación, ha comparecido como recurrente el 8 de febrero de 2023, y el Abogado del Estado, en la propia, como recurrido, lo ha hecho el 10 de marzo de 2023, dentro ambos del plazo de 30 días del artículo 89.5 LJCA.

TERCERO.-Interposición y admisión del recurso de casación.

La sección primera de esta Sala admitió el recurso de casación en auto de 26 de octubre de 2023, en que aprecia la concurrencia del interés casacional objetivo para formar jurisprudencia, en estos literales términos:

"[...] Determinar si, en virtud de un informe emitido por el equipo de apoyo informático -dependencia interna de la propia AEAT-, la Administración tributaria puede considerar que los gastos derivados de la realización de actividades que tengan por objeto el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de innovación tecnológica en la cuota íntegra del impuesto sobre sociedades, aun cuando se trate de proyectos calificados como de tal innovación tecnológica por el Ministerio competente en materia de ciencia, en virtud de dictamen vinculante.

Dilucidar el alcance que puede tener, para negar absolutamente toda deducción por innovación tecnológica, el hecho de que tal calificación ya viene dada, de modo vinculante, por la propia Administración del Estado en cuyo seno se integra la AEAT y, en concreta, la unidad informática mencionada.

En relación con las preguntas anteriores, determinar si cabe enervar el valor probatorio del dictamen vinculante del Ministerio referido, al margen de su efectivo alcance y efectos, mediante un documento interno de sus propios funcionarios que no ha sido presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso y no ha sido sometido a contradicción de las partes en ese mismo proceso [...]".

2. La procuradora Sra. Ortiz Gutiérrez interpuso recurso de casación en escrito de 18 de diciembre de 2023, en el que se solicita lo siguiente:

"[...] dicte sentencia en virtud de la cual:

1. Se fije como criterio interpretativo, de acuerdo con el Auto de admisión del recurso, el expuesto por esta parte en el fundamento jurídico cuarto del presente escrito de interposición.

2. Acuerde haber lugar al recurso de casación interpuesto por esta parte, contra la Sentencia dictada por la Sección Segunda de la Sala de lo Contencioso-Administrativo de la AN de 23 de noviembre de 2022, en el curso de los autos número 431/2020, y, en consecuencia, que la misma sea anulada.

3. Se resuelva el debate planteado en la instancia en el sentido de estimar las pretensiones de esta parte y, en concreto, se reconozca la conformidad a Derecho de la deducción por actividades de innovación tecnológica declarada por la Sociedad en el IS del ejercicio 2011.

4. Acuerde imponer las costas procesales del presente recurso de casación con arreglo a lo dispuesto en el artículo 93.4 de la LJCA [...]".

CUARTO.- Oposición al recurso de casación.

El Abogado del Estado presentó escrito de oposición al recurso de casación el 22 de febrero de 2024, en que manifiesta:

"[...] Saliendo al paso del correlativo de adverso, solicitamos a esa Sala que declarando que no ha lugar al recurso formulado, y en interpretación de los preceptos identificados en el auto de admisión y demás procedentes, siente en primer lugar como doctrina que:

- Es posible, que, en virtud de un informe emitido al efecto por el equipo de apoyo informático de la propia DCGC de la AEAT, órgano encargado de la comprobación del cumplimiento de la normativa fiscal en lo relativo a la deducción por innovación tecnológica del artículo 35 del TRLIS/2004 ( artículo 35 de la Ley 27/2014 ), tomado en cuenta por dicha Delegación para regularizar el importe de la deducción mencionada, la Administración tributaria puede considerar, por tanto, que los gastos derivados de la realización de actividades que tengan por objeto el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de innovación tecnológica en la cuota íntegra del Impuesto sobre Sociedades, aun cuanto tales proyectos hayan sido calificados positivamente como proyectos de innovación tecnológica por el Ministerio competente en materia de ciencia, en virtud de dictamen vinculante.

- El hecho cierto de que, la calificación positiva como proyecto de innovación tecnológica derive de un informe vinculante en tal sentido de un órgano del Ministerio competente en materia de ciencia, órgano integrado al igual que la AEAT en la propia Administración del Estado, no es óbice ni obstáculo para que, la negativa a la deducción indicada por los órganos de la AEAT, por no corresponder a alguno de los conceptos integrantes de la base de la deducción del artículo 35.2 b) TRLIS/2004 ( artículo 35.2.b) de la Ley 27/2014 ), se fundamente por parte del órgano decisorio en materia fiscal de la Administración tributaria, en este caso, la Delegación Central de Grandes Contribuyentes (DCGC) de la AEAT, en un informe técnico del equipo de apoyo informático de esa Delegación, dependencia interna de la propia AEAT, con conocimientos indudables en materia de software orientado a la actividad empresarial, sin que ello suponga vulneración alguna del principio de personalidad jurídica única de la Administración.

- Dado que se mueven en planos distintos (calificación de la actividad en un caso, encuadramiento en los concepto deducibles en otro), no se puede hablar de que la Administración tributaria tenga que enervar el valor probatorio de un dictamen vinculante del Ministerio mediante un documento interno de sus propios funcionarios, que sirve de base a una regularización ni, por consiguiente, que, para la validez de ese documento administrativo y la valoración oportuna por un Tribunal contencioso, es necesario que la Administración presente el mismo como prueba pericial en el proceso y someterlo así a contradicción de las partes. Corresponde, en todo caso, al obligado tributario, de acuerdo con la doctrina de esa Sala, desvirtuar ese informe, a través de la prueba pericial oportuna en el seno del proceso, antes de la decisión libre y motivada del Tribunal sentenciador, que valorará las pruebas existentes, valoración no revisable en casación.

Sobre esa base, desestime el recurso contencioso administrativo y confirme la sentencia recurrida y, por ende, la resolución del TEAC impugnada [...]".

QUINTO.- Vista pública y deliberación.

Esta Sección Segunda no consideró necesaria la celebración de vista pública - artículo 92.6 LJCA-, quedando fijada la deliberación, votación y fallo de este recurso el 24 de septiembre de 2024, día en que efectivamente se deliberó, votó y falló, con el resultado que seguidamente se expresa.

FUNDAMENTOS DE DERECHO

PRIMERO.- Objeto del presente recurso de casación.

El objeto de este recurso de casación consiste en determinar si, en virtud de un informe emitido por el equipo de apoyo informático -dependencia interna de la propia AEAT-, la Administración tributaria puede considerar que los gastos derivados de la realización de actividades que tengan por objeto el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de innovación tecnológica en la cuota íntegra del impuesto sobre sociedades, aun cuando se trate de proyectos calificados como de tal innovación tecnológica por el Ministerio competente en materia de ciencia, en virtud de dictamen vinculante; además, se trata de dilucidar el alcance que puede tener, para negar absolutamente toda deducción por innovación tecnológica, el hecho de que tal calificación ya viene dada, de modo vinculante, por la propia Administración del Estado en cuyo seno se integra la AEAT y, en concreta, la unidad informática mencionada; y, en relación con las preguntas anteriores, determinar si cabe enervar el valor probatorio del dictamen vinculante del Ministerio referido, al margen de su efectivo alcance y efectos, mediante un documento interno de sus propios funcionarios que no ha sido presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso y no ha sido sometido a contradicción de las partes en ese mismo proceso.

SEGUNDO.- Tales cuestiones versan, en esencia, sobre diferentes aspectos de la prueba relativa a la realización de actividades que constituyen innovación tecnológica; a la deducción fiscal de los gastos relacionados con tales proyectos y sus consiguientes inversiones; y, en suma, al valor vinculante que la ley otorga a los informes previos emitidos por el Ministerio de Ministerio de Economía, Industria y Competitividad (MINECO), que constituyen un derecho subjetivo para los beneficiarios del informe y una obligación correlativa de abstención por parte de la Administración fiscal.

Es preciso, en primer lugar, esclarecer un aspecto crucial que no parece haber sido bien entendido a lo largo del proceso. Pese a que se sostiene como aplicable -con toda la razón- el art. 35 TRLIS de 2004, que regía en el ejercicio 2011, aquí controvertido, la tesis sustentadora de la sentencia asume como propio el contenido y efectos de la LIS de 2014 que, casi idéntica a la anterior, contiene un matiz esencial que condiciona la decisión. Así, el artículo aplicable -35.4 TRLIS, in fine-, dice:

"[...] Dicho informe tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria".

En cambio, el equivalente art. 35.4 LIS 2014, no aplicable aquí, afirma:

"[...] Dicho informe tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria exclusivamente en relación con la calificación de las actividades ".

La diferencia entre una y otra norma es decisiva en este asunto.

El propio auto de admisión relata los antecedentes, en los que no hay discrepancia, de gran importancia para la comprensión del asunto (los resaltes tipográficos son propios de esta sentencia):

"[...]Un análisis del expediente administrativo y de las actuaciones judiciales, respetando los hechos de la resolución impugnada, nos lleva a destacar a efectos de la admisión del presente recurso de casación, algunas circunstancias que han de ser tenidas en cuenta:

1.º) Cecabank, S.A. aplicó, en la autoliquidación del impuesto sobre sociedades de 2011, la deducción por investigación y desarrollo (en adelante, I+D) por 3 proyectos, por un importe total de 2.757.902,41 euros. Asimismo, aplicó la deducción por innovación tecnológica (en adelante IT) por 12 proyectos, siendo el importe total de 11.397.754,67 euros.

Todos los proyectos obtuvieron un informe, emitido por el organismo correspondiente del Ministerio de Economía, Industria y Competitividad (MINECO) que los calificó como "innovación tecnológica" (los calificados por el contribuyente como I+D se recalificaron a IT).

2.º) El 9 de marzo de 2016 se iniciaron actuaciones de comprobación por la AEAT, en relación con el Grupo Fiscal 508/12, cuya sociedad dominante era la recurrente, que finalizaron con liquidación del IS 2011, con una deuda a ingresar de 1.957.173,03 euros, en que se excluye la deducción por innovación tecnológica del artículo 35.2.b) del TRLIS.

3.º) Frente a dicha resolución, la interesada presentó reclamación, desestimada por el TEAC el 3 de diciembre de 2019, al considerar que el carácter vinculante del informe emitido por el Ministerio previsto en el artículo 35.4 TRLIS se refiere, exclusivamente, a la calificación de innovación tecnológica, pero no a la delimitación de la base de la deducción y su cuantía, es decir, ni a la inserción de los gastos en alguna de las categorías del artículo 35.2.b) TRLIS, ni al importe de aquellos que se consideren justificados y directamente relacionados con la actividad en cuestión; pudiendo, por ende, incluirse en la base de la deducción, únicamente, los gastos de innovación tecnológica que se correspondan con alguno de los conceptos enumerados en dicho precepto, por tratarse de una lista numerus clausus. Para poder aplicar la deducción en cuestión, debe superarse un doble filtro: en primer lugar, el establecido en la letra a) del artículo 35.2 TRLIS, en relación con el cual el informe del Ministerio competente en materia de economía tiene carácter vinculante; en segundo lugar, el previsto en la letra b) del propio precepto, sin que en este caso dicho informe cuente con ese carácter.

De este modo, el TEAC entiende que el concepto de IT que determina el Ministerio competente en materia de ciencia es más amplio que el fiscalmente deducible, cuya comprobación corresponde a la Administración tributaria, concluyendo que si bien todos los proyectos desarrollados por la entidad financiera fueron calificados como innovación tecnológica por el ministerio, no obstante tras la comprobación de la base de la deducción por la Administración, ninguno de los gastos realizados por la contribuyente en sus proyectos de innovación tecnológica se corresponden con los establecidos en el artículo 35.2.b) TRLIS.

4.º) Contra dicha resolución, se interpuso recurso ante la Sala C-A de la Audiencia Nacional, n.º 431/2020, desestimado en la sentencia ahora impugnada, en la que, remitiéndose a los criterios de su previa sentencia de 23 de noviembre de 2022 (rec. 637/2019 ), se señala:

"Conviene, no obstante, una aclaración preliminar y es la relativa al alcance de la vinculación de la Administración tributaria respecto a los informes motivados emitidos por el Ministerio de Ciencia e Innovación que prevé el art. 35.4.a) del TRLIS. Pues bien, sobre esta cuestión, ya se declaró en la sentencia de esta Sala y Sección de 1 de julio de 2021, que esa vinculación no tiene el alcance que le atribuye la recurrente, pues "la Administración Tributaria está facultada para comprobar en el ámbito de la fiscalidad los gastos que pueden constituir la base de la deducción por innovación tecnológica".

[...] el debate planteado gira en torno a si los gastos controvertidos pueden subsumirse en los conceptos descritos en los n.º 1.º y 2.º del art. 35.2.b) del TRLIS, lo que expresado de forma abreviada y respectiva equivale a su inclusión en los conceptos de "diagnóstico tecnológico" y "diseño industrial e ingeniería de procesos de producción".

Pues bien, en cuanto a esto último y a la luz de los criterios fijados en la sentencia de esta Sala y Sección de 23 de noviembre de 2022 (recurso n.º 637/2019 ), procede acotar los términos del debate pertinente pues los programas informáticos están legalmente excluidos como actividad de "diseño industrial", por una parte, y solo cabrá subsumirlos en la noción de "ingeniería de procesos de producción" en aquellos proyectos en los "que existe una primera fase en la que se definen una serie de procesos (o se redefinen unos procesos existentes), y una fase posterior en la que se aborda la creación o la mejora de herramientas (normalmente informáticas)" y sin que quepa confundir a estos efectos "la ingeniería del proceso con la ingeniería de las herramientas que se utilizan en el proceso".

[...] En definitiva, a modo de conclusión general, no puede tenerse por acreditado que los proyectos examinados resulten subsumibles en el n.º 2 del art. 35.2.b) del TRLIS. Y, por tanto, debemos confirmar el criterio expresado en la resolución impugnada respecto a que "los argumentos dados por la Inspección para rechazar la inclusión en los números 1.º y 2.º del art. 35.2.b) del TRLIS de los gastos pretendidos por el contribuyente son válidos y suficientes y no han sido refutados por el contribuyente" [...]".

TERCERO.- Las normas aplicables al asunto.

1. El artículo 35 TRLIS, aplicable ratione temporis, sobre la deducción por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica, dispone (en la parte que aquí interesa):

"2. Deducción por actividades de innovación tecnológica.

La realización de actividades de innovación tecnológica dará derecho a practicar una deducción de la cuota íntegra en las condiciones establecidas en este apartado...

a) Concepto de innovación tecnológica.

Se considerará innovación tecnológica la actividad cuyo resultado sea un avance tecnológico en la obtención de nuevos productos o procesos de producción o mejoras sustanciales de los ya existentes. Se considerarán nuevos aquellos productos o procesos cuyas características o aplicaciones, desde el punto de vista tecnológico, difieran sustancialmente de las existentes con anterioridad.

Esta actividad incluirá la materialización de los nuevos productos o procesos en un plano, esquema o diseño, la creación de un primer prototipo no comercializable, los proyectos de demostración inicial o proyectos piloto y los muestrarios textiles, de la industria del calzado, del curtido, de la marroquinería, del juguete, del mueble y de la madera, siempre que no puedan convertirse o utilizarse para aplicaciones industriales o para su explotación comercial.

b) Base de la deducción.

La base de la deducción estará constituida por el importe de los gastos del período en actividades de innovación tecnológica que correspondan a los siguientes conceptos:

1.º Actividades de diagnóstico tecnológico tendentes a la identificación, la definición y la orientación de soluciones tecnológicas avanzadas, con independencia de los resultados en que culminen.

2.º Diseño industrial e ingeniería de procesos de producción, que incluirán la concepción y la elaboración de los planos, dibujos y soportes destinados a definir los elementos descriptivos, especificaciones técnicas y características de funcionamiento necesarios para la fabricación, prueba, instalación y utilización de un producto, así como la elaboración de muestrarios textiles, de la industria del calzado, del curtido, de la marroquinería, del juguete, del mueble y de la madera.

3.º Adquisición de tecnología avanzada en forma de patentes, licencias, "know-how" y diseños. No darán derecho a la deducción las cantidades satisfechas a personas o entidades vinculadas al sujeto pasivo. La base correspondiente a este concepto no podrá superar la cuantía de un millón de euros.

4.º Obtención del certificado de cumplimiento de las normas de aseguramiento de la calidad de la serie ISO 9000, GMP o similares, sin incluir aquellos gastos correspondientes a la implantación de dichas normas.

Se consideran gastos de innovación tecnológica los realizados por el sujeto pasivo en cuanto estén directamente relacionados con dichas actividades, se apliquen efectivamente a la realización de éstas y consten específicamente individualizados por proyectos.

Los gastos de innovación tecnológica que integran la base de la deducción deben corresponder a actividades efectuadas en España o en cualquier Estado miembro de la Unión Europea o del Espacio Económico Europeo.

Igualmente, tendrán la consideración de gastos de innovación tecnológica las cantidades pagadas para la realización de dichas actividades en España o en cualquier Estado miembro de la Unión Europea o del Espacio Económico Europeo, por encargo del sujeto pasivo, individualmente o en colaboración con otras entidades.

Para determinar la base de la deducción, el importe de los gastos de innovación tecnológica se minorará en el 65 por ciento de las subvenciones recibidas para el fomento de dichas actividades e imputables como ingreso en el período impositivo.

c) Porcentaje de deducción. El 12 por ciento de los gastos efectuados en el período impositivo por este concepto, sin que sean de aplicación los coeficientes establecidos en el apartado 2 de la disposición adicional décima de esta Ley.

3. Exclusiones.

No se considerarán actividades de investigación y desarrollo ni de innovación tecnológica las consistentes en:

a) Las actividades que no impliquen una novedad científica o tecnológica significativa. En particular, los esfuerzos rutinarios para mejorar la calidad de productos o procesos, la adaptación de un producto o proceso de producción ya existente a los requisitos específicos impuestos por un cliente, los cambios periódicos o de temporada, excepto los muestrarios textiles y de la industria del calzado, del curtido, de la marroquinería, del juguete, del mueble y de la madera, así como las modificaciones estéticas o menores de productos ya existentes para diferenciarlos de otros similares.

b) Las actividades de producción industrial y provisión de servicios o de distribución de bienes y servicios. En particular, la planificación de la actividad productiva: la preparación y el inicio de la producción, incluyendo el reglaje de herramientas y aquellas otras actividades distintas de las descritas en la letra b) del apartado anterior; la incorporación o modificación de instalaciones, máquinas, equipos y sistemas para la producción que no estén afectados a actividades calificadas como de investigación y desarrollo o de innovación; la solución de problemas técnicos de procesos productivos interrumpidos; el control de calidad y la normalización de productos y procesos; la prospección en materia de ciencias sociales y los estudios de mercado; el establecimiento de redes o instalaciones para la comercialización; el adiestramiento y la formación del personal relacionada con dichas actividades.

c) La exploración, sondeo o prospección de minerales e hidrocarburos.

4. Aplicación e interpretación de la deducción.

a) Para la aplicación de la deducción regulada en este artículo, los sujetos pasivos podrán aportar informe motivado emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación, o por un organismo adscrito a éste, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos en la letra a) del apartado 1 de este artículo para calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo, o en la letra a) de su apartado 2, para calificarlas como innovación, teniendo en cuenta en ambos casos lo establecido en el apartado 3. Dicho informe tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria.

b) El sujeto pasivo podrá presentar consultas sobre la interpretación y aplicación de la presente deducción, cuya contestación tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria, en los términos previstos en los artículos 88 y 89 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria.

A estos efectos, los sujetos pasivos podrán aportar informe motivado emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación, o por un organismo adscrito a éste, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos en la letra a) del apartado 1 de este artículo para calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo, o en la letra a) de su apartado 2, para calificarlas como innovación tecnológica, teniendo en cuenta en ambos casos lo establecido en el apartado 3. Dicho informe tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria.

c) Igualmente, a efectos de aplicar la presente deducción, el sujeto pasivo podrá solicitar a la Administración tributaria la adopción de acuerdos previos de valoración de los gastos e inversiones correspondientes a proyectos de investigación y desarrollo o de innovación tecnológica, conforme a lo previsto en el artículo 91 de la Ley 58/2003, de 17 de diciembre, General Tributaria.

A estos efectos, los sujetos pasivos podrán aportar informe motivado emitido por el Ministerio de Ciencia e Innovación, o por un organismo adscrito a éste, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos en la letra a) del apartado 1 de este artículo, para calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo, o en la letra a) de su apartado 2, para calificarlas como innovación tecnológica, teniendo en cuenta en ambos casos lo establecido en el apartado 3, así como a la identificación de los gastos e inversiones que puedan ser imputados a dichas actividades. Dicho informe tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria ".

2. Por su parte, el artículo 2 del Real Decreto 1432/2003, de 21 de noviembre, que regula la emisión por el Ministerio de Ciencia y Tecnología de informes motivados relativos al cumplimiento de requisitos científicos y tecnológicos, a efectos de la aplicación e interpretación de deducciones fiscales por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica, señala:

"[...] El Ministerio de Ciencia y Tecnología, de conformidad con lo previsto en el artículo 33.4 de la Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto sobre Sociedades, emitirá informes motivados relativos al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos en el apartado 1.a) de dicho artículo para calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo, o en su apartado 2.a), para calificarlas como innovación, teniendo en cuenta en ambos casos las exclusiones establecidas en el apartado 3.

Los informes motivados podrán ser del siguiente tipo:

a) Informe motivado, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos, a los efectos de aplicar la deducción fiscal por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica, de conformidad con lo previsto en el artículo 33 de la Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto sobre Sociedades.

b) Informe motivado, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos, a los efectos de calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo o innovación tecnológica, con el objeto de ser aportado en las consultas sobre interpretación y aplicación de normas previstas en el artículo 107 de la Ley 230/1963, de 28 de diciembre, General Tributaria, todo ello de conformidad con lo previsto en el artículo 33 de la Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto sobre Sociedades.

c) Informe motivado, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos, a los efectos de calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo, o innovación tecnológica, así como para identificar los gastos e inversiones que puedan ser imputados a dichas actividades, con el objeto de ser aportado para la adopción de los acuerdos previos de valoración que, a solicitud de interesado, la Administración tributaria deberá realizar de conformidad con lo previsto en el artículo 9 de la Ley 1/1998, de 26 de febrero, de Derechos y Garantías de los Contribuyentes, todo ello de acuerdo con lo previsto en el artículo 33 de la Ley 43/1995, de 27 de diciembre, del Impuesto sobre Sociedades.

d) Informe motivado, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos del personal investigador, a los efectos de aplicar las correspondientes bonificaciones en la cotización a la Seguridad Social que regula la disposición adicional vigésima de la Ley 35/2006, de 28 de noviembre, del Impuesto sobre la Renta de las Personas Físicas y de modificación parcial de las leyes de los Impuestos sobre Sociedades, sobre la Renta de no Residentes y sobre el Patrimonio.

Los informes motivados referentes a las deducciones del Impuesto sobre Sociedades regulados en este real decreto podrán ser emitidos sobre las actividades y los gastos e inversiones asociados a ellas que sean presentadas en el marco de un proyecto individualizado.

El informe motivado a que se refiere el apartado d) de este artículo se limitará a acreditar que el solicitante tiene personal, de nueva contratación o ya perteneciente a la empresa, dedicado de manera exclusiva y por la totalidad de su tiempo de trabajo a actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica".

Y el artículo 9, en cuanto a los efectos de tales informes, dispone:

"[...] 1. En los informes a que se refiere el artículo 2.a) evacuados por el Ministerio de Ciencia y Tecnología, el importe de los gastos e inversiones efectivamente incurridos en actividades de investigación y desarrollo o innovación, que pudieran constituir la base de la deducción, deberá, en todo caso, estar debidamente documentado y ajustado a la normativa fiscal vigente, y corresponderá a los órganos competentes de la Administración tributaria la inspección y control de estos extremos.

2. En los informes a que se refieren los párrafos b) y c) del artículo 2 evacuados por el Ministerio de Ciencia y Tecnología, el importe de los gastos que pudieran constituir la base de la deducción estará condicionado a su realización y la necesaria identidad entre las cuantías presupuestadas consideradas en el informe como asociadas a las actividades de investigación y desarrollo o de innovación y las cuantías efectivamente cargadas o facturadas al proyecto, y deberán practicarse, en su caso, los ajustes correspondientes en la base de deducción.

La Administración tributaria podrá recabar en cualquier momento al sujeto pasivo la justificación de la realidad de los gastos y su directa afectación al proyecto en ulteriores procedimientos de comprobación tributaria.

3. Los informes motivados emitidos en contestación a solicitudes que cumplan los requisitos de este real decreto vincularán a la Administración tributaria".

La resolución de 26 de diciembre de 2005, de la Presidencia de la AEAT (aplicable por razones temporales), establece la estructura orgánica de la Delegación de Grandes Contribuyentes, que incluye al EAI como parte de su estructura, dispone en el artículo sexto, apartado 7, que tal equipo desarrollará...

"...actuaciones conjuntas y de coordinación de trabajos informáticos con los Equipos Nacionales de Inspección, investigando y analizando la estructura de los sistemas informáticos y de las bases de datos y sus movimientos para el descubrimiento de datos ocultos. Estos Equipos estarán integrados por los funcionarios que se les adscriban".

CUARTO.- Consideraciones de la Sala.

1. Se hace preciso, en primer término, aclarar que no consta, en la sentencia impugnada, que el proceso se recibiera a prueba a instancia de la Administración recurrida a fin de respaldar, bien o mal, las opiniones de los funcionarios de la AEAT integrantes del Equipo de Apoyo Informático -EAI- y, por tanto, sirvieran para contradecir válidamente el contenido favorable del informe vinculante del Ministerio de Ciencia e Innovación.

A partir de esa primordial constatación, se trata ahora de precisar si, bajo el régimen jurídico del TRLIS, vigente en el ejercicio 2011 del Impuesto sobre Sociedades en que se pretendieron deducir los gastos por inversiones, puede una Administración pública valerse de prueba creada y concebida en el seno de su propia estructura administrativa -como opinión experta e independiente- que pueda ser válidamente examinada por un Tribunal de justicia y valorada para la confirmación de los actos impugnados y la consiguiente desestimación del recurso jurisdiccional. Todo ello al margen de que la Ley fiscal haya previsto que uno de los elementos configuradores del tributo -la deducción fiscal y su cuantificación- se confía al criterio técnico del Ministerio competente en materia de ciencia, que la propia ley conceptúa como vinculante para la Administración.

Por más que la expresión vinculante que ofrece el art. 35.4 TRLIS y su alcance y contenido obligatorio pudieran ser objeto, eventualmente, de algunas interpretaciones matizadoras -que lo serían, indefectiblemente, en perjuicio de los contribuyentes-, lo que no es aceptable es una exégesis de que el término vinculante debe ser entendido como no vinculante. Sea como fuere, la vinculación remite a una fuerza legal especialmente intensa del informe o dictamen, no inusual entre las actos administrativas de tal clase, que no puede ser contradicha en el ámbito de la propia Administración emisora -como lo es la AEAT y sus dependencias, oficinas y equipos- para privarle de todo sentido.

2. Esta Sala considera que los verdaderos expertos en la innovación tecnológica de la que surge la deducción fiscal son los que integran el Ministerio de Ciencia e Innovación (o la denominación que en cada momento ostente ese departamento). Es la ley misma la que parte de esa presunción iuris et de iure.

Además, examinando el tenor de la norma fiscal, es fácil determinar que la ley fiscal ha querido que un elemento fáctico del que deriva la aplicación del derecho a la deducción en el IS se haya confiado a tal dictamen técnico, que con su solvencia define lo que es y no es innovación tecnológica y qué proyectos reúnen esa condición, en criterio que vincula a la Administración tributaria.

3. La propia Ley -TRLIS-, en la versión aplicable a 2011, por tanto, ordena que ese dictamen sea vinculante para la Administración. El informe, además, se emite previa calificación de los proyectos presentados por las sociedades e incluyen, éstos, los gastos sobre los que se pretende sea aplicada la deducción.

A diferencia de lo previsto en la versión de la deducción en el art. 35 de la LIS de 2014, que introduce una reducción del ámbito objetivo del informe vinculante, en el 35.4.c) in fine TRLIS no se limita el alcance de la vinculación ni se apodera a la AEAT para discutir, enervar u objetar el informe vinculante emitido por el órgano de la Administración experto en la materia.

4. Cabe añadir que, como razona el auto de admisión:

"[...] No puede pasarse por alto, en este asunto, la incidencia que pudiera representar el principio de personalidad jurídica única, que vincula a todos los órganos o dependencias de la misma Administración pública y las agrupa bajo una única voluntad rectora y de actuación [vid. sentencia del Tribunal Supremo de 17 de junio de 2021 (casación 6123/2019 )".

Esto es, resulta contrario a una interpretación no solo literal, sino lógica de las normas jurídicas aplicables al caso que, en el seno de la misma Administración del Estado, en cuyo complejo se integra la AEAT, se admita que una cosa pueda ser y no ser al mismo tiempo. A esto se añade:

"[...]Tampoco se puede prescindir, en el enjuiciamiento del caso, de las dudas que pudiera suscitar, al menos prima facie, a la hora de determinar el cumplimiento del requisito legal de aptitud de la deducción, el valor probatorio en proceso de este informe interno, atendida la falta de conocimiento la cualificación técnica de sus miembros o componentes del equipo; su más que discutible independencia de los intereses en juego -examinada desde la óptica de su valor pericial- así como de su presentación como prueba en el proceso y su sometimiento -o no- a contradicción procesal".

5. Como afirma la recurrente CECABANK, en opinión que esta Sala hace propia en este punto, lo cierto es que pudiendo haber recurrido a los expertos en la materia, la AEAT no lo hizo. Así, mientras el TRLIS 2004 sustenta el carácter vinculante del informe en la búsqueda de la seguridad jurídica, localizando el informe, que es vinculante para la Administración, en quien ostenta la competencia técnica (hoy MCIN), la AEAT parece perseguir la neutralización del informe, para así denegar la deducción fiscal; y para ese objetivo, genera la contraprueba en sí misma, con un informe interno que entraña una prueba autocreada, elaborada por funcionarios que mantienen una relación de dependencia con aquella, provocando que su potencial valor probatorio decaiga.

6. Lo que debemos dilucidar, en respuesta a la primera cuestión del auto de admisión, es en qué medida y hasta qué punto, el análisis y las conclusiones alcanzadas por el EAI -integrado en la Agencia Tributaria- se pueden considerar suficientes, en el sentido de si, desde un punto de vista técnico-científico, sus integrantes poseen la competencia profesional necesaria para hacer depender de su opinión la aplicación del incentivo fiscal, y si gozan de la independencia necesaria como para desvirtuar el contenido del dictamen vinculante emitido por el MCIN, en el que los proyectos se calificaron como de innovación tecnológica.

En efecto, lo que se ha de resolver con las cuestiones de interés casacional planteadas es en qué medida el análisis y las conclusiones del EAI bastan para desvirtuar el contenido del dictamen vinculante del Ministerio competente, que califica los proyectos como de innovación tecnológica.

Para ello, y con independencia de lo que se acaba de expresar, hay que acudir a la resolución de 26 de diciembre de 2005, de la Presidencia de la AEAT (aplicable aquí ratione temporis ), que establece la estructura orgánica de la Delegación de Grandes Contribuyentes, en que se incluye al EAI en su estructura, disponiendo en el artículo Sexto, ap. 7, que el equipo desarrollará...

"[...] actuaciones conjuntas y de coordinación de trabajos informáticos con los Equipos Nacionales de Inspección, investigando y analizando la estructura de los sistemas informáticos y de las bases de datos y sus movimientos para el descubrimiento de datos ocultos. Estos Equipos estarán integrados por los funcionarios que se les adscriban".

De esas atribuciones que le asigna la propia Agencia cabe apreciar que su competencia solo alcanza a investigar y analizar la "estructura de los sistemas informáticos y de las bases de datos" con el objeto de descubrir "datos ocultos ", por lo que su labor está dirigida a "investigar", pero esa labor (y los conocimientos necesarios para ello) no comprende calificar proyectos, cuya competencia es del MCIN, al que tanto el TRLIS de 2004 como el RD 1432/2003, le otorgan ex lege, como advierte la recurrente, una presunción de cualificación técnica, al asignar a los informes el efecto vinculante. Esto es, al margen de que, además, aquí consta ese informe vinculante, que la AEAT desdeña, cabe la duda de si, además, la solvencia profesional, el conocimiento preciso, permite a los funcionarios encuadrados en los equipos de la propia Agencia, desde la perspectiva de la experiencia exigida para pertenecer al equipo, situarse en un plano de igualdad científica con aquellos otros que, en el seno de un Ministerio que no ostenta competencia tributaria, han emitido su dictamen cualificado y fundado que, recordemos, no solo califica un proyecto en su índole abstracta, sino que también valora la inversión prevista y los gastos en que se concreta.

7. Además, en el caso presente, el informe del EAI fue recabado por el órgano actuario -Dependencia de Control Tributario y Aduanero de la DCGC-, e incorporado al acta de inspección, por lo que es claro que carece por completo de todo valor probatorio que pueda imponerse al contenido calificador del informe vinculante. Esto es, no puede ser valorado como si fuera una pericial (empleada la expresión tanto en su sentido formal como meramente sustantivo), pues como expuso esta Sala, Sección 4.ª, en sentencia n.º 202/2022, de 17 de febrero (rec. cas. 5631/2019), en la que, requerida para que se pronunciara sobre la cuestión de interés casacional objetivo relativa a la "naturaleza y valor probatorio de los informes de la Administración obrantes en el expediente administrativo más los aportados en sede judicial como pericial, todos elaborados por funcionarios o técnicos de la Administración", declaró lo siguiente:

"[...] Una vez sentado que los expertos al servicio de la Administración pueden actuar como peritos y que sus dictámenes -al igual que cualquier otro dictamen pericial- han de ser valorados de manera libre y motivada, es preciso hacer tres consideraciones adicionales a fin de dar cumplida respuesta a la cuestión de interés casacional objetivo. En primer lugar, tal como señala el recurrente, no es lo mismo que un informe o dictamen emanado de la Administración se haga valer como medio de prueba en un litigio entre terceros o en un litigio en que esa misma Administración es parte. En este último supuesto, no tiene sentido decir que el informe o dictamen goza de imparcialidad y, por ello, merece un plus de credibilidad: quien es parte no es imparcial. Además, cuando esto ocurre, el dato es relevante, pues exige no eludir la proveniencia puramente administrativa del informe o dictamen, examinando hasta qué punto ello ha podido influir en las conclusiones periciales.

En segundo lugar, en conexión con lo que se acaba de decir, no todos los expertos al servicio de la Administración se encuentran en una misma situación de dependencia con respecto al órgano administrativo llamado a decidir. Por mucha que sea la capacitación técnica o científica de la concreta persona, no es lo mismo un funcionario inserto en la estructura jerárquica de la Administración activaque alguien que -aun habiendo sido designado para el cargo por una autoridad administrativa- trabaja en entidades u organismos dotados de cierta autonomía con respecto a la Administración activa. A este respecto hay que recordar que, entre las causas de tacha de peritos no designados judicialmente, el art. 343 de la Ley de Enjuiciamiento Civil incluye "estar o haber estado en situación de dependencia o de comunidad o contraposición de intereses con alguna de las partes o con sus abogados o procuradores". Y el art. 344 del propio cuerpo legal dispone que la tacha debe ser tenida en cuenta al valorar la prueba pericial. Pues bien, mientras que el funcionario inserto en la estructura jerárquica de la Administración activa está manifiestamente en situación de dependencia, el lazo es menos acusado en el otro supuesto. Precisar y ponderar, en cada caso concreto, el mayor o menor grado de dependencia del experto con respecto al órgano administrativo llamado a decidir es algo que, sin duda, debe hacer el juzgador.

En tercer y último lugar, seguramente hay supuestos en que los informes de origen funcionarial, aun habiendo sido elaborados por auténticos técnicos, no pueden ser considerados como prueba pericial. Ello ocurre destacadamente cuando las partes no tienen ocasión de pedir explicaciones o aclaraciones ( arts. 346 y 347 de la Ley de Enjuiciamiento Civil y art. 60 de la Ley de la Jurisdicción Contencioso-Administrativa ). Dichos informes no tendrán más valor que el que tengan como documentos administrativos, y como tales habrán de ser valorados [...]".

8. Es cierto que la doctrina que contiene la sentencia de la Sección cuarta de esta Sala Tercera que se ha transcrito parcialmente se refiere a la prueba pericial judicial, que ha surgido en el seno de la propia Administración que se beneficia de ella y aquí, en este concreto asunto, el informe interno se ha emitido en el procedimiento de inspección, acompañándose al acta. Sin embargo, tal doctrina, aunque es válida en los casos en que el informe del EAI se acompañase en sede judicial -como pericial o como documental-, que es un supuesto diferente al aquí examinado, no por ello sería intranscendente cuando la labor informadora del EAI ha servido directamente para conformar el acto administrativo luego impugnado. No cabe olvidar, pues, que el EAI ha participado en la génesis misma del acto de liquidación objeto de impugnación jurisdiccional, lo que agrava extraordinariamente la sospecha de falta de imparcialidad de su contenido.

Tal circunstancia, la de la creación puramente administrativa del informe (en cuanto al procedimiento y en cuanto a los sedicentes peritos) que se da en este caso, no necesariamente en otros, lejos de suponer un obstáculo para mantener la expresada jurisprudencia, refuerza la idea del endeble valor probatorio de estos informes autoemitidos, porque además de los problemas que hemos reseñado -el carácter vinculante del informe ministerial, la duda sobre la solvencia o experiencia técnica de los funcionarios del EAI, la quiebra de la imparcialidad- se añadiría la ausencia total de las garantías propias de la prueba judicial: falta de contradicción procesal, juramento o promesa, selección del perito y advertencia sobre la posible responsabilidad, incluso penal.

9. En el caso debatido, el EAI que ha emitido el informe -en sentido propio, para la Administración que comprueba el tributo, no para el juez- determinante para negar la deducción por innovación tecnológica, se inserta en la estructura jerárquica del órgano actuario -Dependencia de Control Tributario y Aduanero de la DCGC- como se ha expuesto, por lo que está manifiestamente en situación de dependencia jerárquica o vertical, a diferencia de la posición del órgano que ha emitido el informe vinculante del Ministerio competente, que cuenta con cierta autonomía con respecto a la Administración activa y, desde luego, es ajeno a la relación jurídica tributaria. Quien es parte no es imparcial, como afirma rotundamente la sentencia de la Sección Cuarta de la Sala que hemos referido.

10. El artículo 9 del R.D. 1432/2003, al regular los efectos de los informes motivados vinculantes -carácter expresamente reconocido en el artículo 35.4 de la LIS y del derogado TRLIS-, establece, como se ha expuesto, que

"...el importe de los gastos e inversiones efectivamente incurridos en actividades de investigación y desarrollo o innovación, que pudieran constituir la base de la deducción, deberá, en todo caso, estar debidamente documentado y ajustado a la normativa fiscal vigente, y corresponderá a los órganos competentes de la Administración tributaria la inspección y control de estos extremos".

Ahora bien, de tal previsión no cabe extraer la consecuencia que sostiene la Administración. En efecto, la competencia de inspección y control que la norma concede a la AEAT versa sobre la constatación de la realidad de los gastos, su adecuado reflejo contable, su relación con los proyectos examinados etc., pero no autoriza, en modo alguno, a vaciar de contenido la potestad que la misma norma atribuye a un órgano distinto, el actual MCIN, que es lo que de facto ha ocurrido aquí, pues la actuación de la AEAT supone una auténtica recalificación de las actividades, desdeñando los informes vinculantes del citado Ministerio.

Siendo ello así, se ha volatilizado por completo el efecto vinculante del informe, sin que la norma con rango legal especifique que tal efecto puede ser desconocido por otro órgano de la Administración fiscal, en todo o en parte.

11. Además, según el artículo 2 del citado R.D. 1432/2003, la emisión del informe motivado por parte del Ministerio "relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos", lo es "a los efectos de aplicar la deducción fiscal por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica".

En suma, la calificación como innovación y la precisión de si los gastos incurridos son subsumibles en el concepto de "diseño industrial e ingeniería de procesos de producción", como es el caso, es cuestión "eminentemente probatoria y de carácter técnico " [ STS de 13 de febrero de 2015 (rec. 918/2013)]:

"[...] estamos ante una cuestión eminentemente probatoria y de carácter técnico, para lo que es preciso acudir a dictámenes de expertos en la materia específica de que se trata... No se trata de que dicho informe tenga carácter vinculante, pero es un informe de la máxima calidad en cuanto a la naturaleza y calificación como I+D+iT de los gastos de software realizados, ya que es el requerido por el Ministerio de Industria, Turismos y Comercio para, en su caso, emitir el Informe motivado"], que requiere su realización por expertos, que cuenten con las competencias necesarias y que actúen con "cierta autonomía" con respecto a la Administración Tributaria".

Por tal motivo, el informe vinculante al que se refiere, sin restricción alguna, el art. 35.4 del TRLIS, es un elemento privilegiado para calificar tanto la actividad de innovación tecnológica como para definir el gasto deducible, cuyo valor probatorio no puede quedar desactivado por un simple informe interno emitido por el equipo de apoyo informático -dependencia interna de la AEAT-, al requerir unos conocimientos técnicos que, en principio, superan el ámbito de competencias atribuidas al referido EAI. Además, es la propia Ley la que reserva al MCIN la emisión de estos informes vinculantes, que no puede ser soslayada del modo en que se ha hecho.

Por lo demás, ni posee el más mínimo apoyo normativo la idea de la Administración y de su defensa en juicio, importada por la Sala sentenciadora, acerca de esa pretendida labor de doble filtro -fruto de una interpretación indebida del art. 35.4 TRLIS- ni en rigor, tal ha sido lo aquí sucedido. Como hemos visto más arriba, la LIS de 2014 incorpora una cierta limitación del valor vinculante del informe relativo a la deducción por I+D+i, (que no rige en este asunto por razones temporales) cuando señala que "[...] Dicho informe tendrá carácter vinculante para la Administración tributaria exclusivamente en relación con la calificación de las actividades".

Sin embargo, la Administración y la Sala a quo, que avala en todo su postura han ido mucho más allá de una especie de interpretación retroactiva de la LIS o de una interpretación de la norma derogada basada en la norma nueva - como si sirviera de aclaración de lo antes regulado-, pues han recalificado los proyectos y su cuantificación económica prescindiendo total y absolutamente de la vinculación jurídica del informe ministerial, como lo prueba no solo el razonamiento de la sentencia impugnada (plasmado en su fundamento cuarto) como la doctrina que, para su defensa, postula en el escrito de oposición de la Administración del Estado recurrida, donde luce sin problemas la reivindicación de una potestad omnímoda de la AEAT para calificar a su voluntad los proyectos amparados en un informe vinculante, como si tal vinculación no obligara a ésta, en todos sus aspectos.

12. Por otra parte, la actuación de la AEAT contraría el principio de seguridad jurídica ( art. 9.3 CE). Así la sociedad recurrente declaró la deducción acogiéndose a los informes vinculantes emitidos al amparo del artículo 35.4.a) del TRLIS, por el Ministerio competente en materia de ciencia y tecnología, en que se calificaron los proyectos como de innovación tecnológica e, incluso, a efectos de la base de la deducción, se indica que corresponden al concepto de diseño industrial e ingeniería de procesos de producción del artículo 35.2.b.2.º) del TRLIS, tales conclusiones no pueden quedar desactivadas por la mera voluntad de la Administración tributaria.

Esta, en teoría, acepta tal calificación pero, en la práctica, niega la aplicación de la deducción declarada, por lo que está dejando sin efecto de facto el valor y eficacia de tales informes vinculantes y creando en el contribuyente una situación de grave inseguridad jurídica, provocando, con ese proceder, si se generaliza, una desnaturalización de los fines de estímulo perseguidos por el legislador con la deducción, los de incentivar las actividades de I+D+i y la inversión en proyectos que supongan la actualización de las empresas y su mayor competitividad.

Carecería de sentido, desde la perspectiva de la finalidad, que quien se propone efectuar inversiones, en ocasiones de grandes sumas, no pudiera tener confianza legítima en la validez de un informe que es vinculante por ministerio de la Ley hasta que pasara por el filtro del non obstat tributario, a efectos de la deducción fiscal, incurriendo en gastos amparados en esa confianza.

13. Asimismo, cabe sostener que queda comprometido el principio de personalidad jurídica única de la Administración -al margen de la existencia de personificaciones instrumentales, que no desdicen la idea incuestionable de que el Ministerio de Ciencia y la AEAT forman parte de una misma organización pública, sometida a la ley y al Derecho ( arts. 91, y 103 CE)- puesto que, ante unos mismos hechos, órganos diferentes de la misma Administración, aun partiendo de la personalidad propia de la AEAT, han llegado a conclusiones no solo distintas, sino antagónicas.

14. Puede añadirse, complementariamente, que la descoordinación entre dependencias de una misma Administración -incluso de dos Administraciones, si se prefiere- no es una exigencia constitucional ni legal, ni tampoco una consecuencia necesaria de la existencia de diferentes competencias, aunque convergentes en algunas de sus manifestaciones, como aquí ocurre.

Al respecto, la sociedad recurrente alega lo siguiente:

"[...] Sorprende que la Agencia Tributaria, al tener "dudas" sobre la adecuación de los gastos, no hubiese solicitado apoyo a la Subdirección General de Fomento de la Innovación Empresarial del Ministerio de Ciencia, que es el verdaderamente competente en la materia. Prueba de lo anterior es la Resolución de 10 de noviembre de 2022 por la que se publica el Convenio entre la Agencia Estatal de Administración Tributaria y el Ministerio de Ciencia e Innovación para la evaluación de proyectos de I+D+i relacionados con la aplicación de incentivos fiscales del IS, el cual prevé que la Administración también pueda obtener un informe motivado del Ministerio relativo al cumplimiento por parte del contribuyente de los requisitos para la aplicación de la deducción, en aras de velar por la seguridad jurídica. Ello pone de manifiesto, preciso acudir a dictámenes de expertos en la materia (...). No se trata de que dicho informe tenga carácter vinculante, pero es un informe de máxima calidad en cuanto a la naturaleza y calificación como I+D+IT de los gastos de software realizados, ya que es el requerido por el MINECO para, en su caso, emitir un Informe motivado.

"[...] Este convenio articula un marco estable que permite a los órganos de aplicación de los tributos obtener un informe motivado del Ministerio de Ciencia e Innovación relativo al cumplimiento por el contribuyente de los requisitos científicos y tecnológicos necesarios para poder aplicar los incentivos previstos en el Impuesto sobre Sociedades a las actividades de I+D+i. Este marco de colaboración aumenta la seguridad jurídica que debe regir el sistema tributario y serviría para dar cumplimiento a algunas de las exigencias que los tribunales han fijado en su jurisprudencia en torno a este incentivo.

De esta manera, el presente convenio cumple la función de reforzar el control sobre la adecuada aplicación de los incentivos vinculados a la realización de actividades de I+D+i en un momento en que la generalización del uso de Agrupaciones de Interés Económico como vehículos para estructurar la realización de estas actividades, siempre que se cumplan determinados requisitos, ha determinado un incremento de los proyectos que tratan de beneficiarse de los incentivos fiscales establecidos en el Impuesto sobre Sociedades [...]".

Obviamente, el convenio citado, dada la fecha de su concertación en 2022, no es aplicable al caso, pero pone de relieve la necesidad de coordinación para evitar situaciones como la que hemos de enjuiciar ahora. Esa elemental exigencia de coordinación entre Administraciones está definida entre los principios que recoge el artículo 103 Constitución, a cuyo tenor "la Administración Pública sirve con objetividad los intereses generales y actúa de acuerdo con los principios de eficacia, jerarquía, descentralización, desconcentración y coordinación, con sometimiento pleno a la ley y al Derecho", formula que reproducía el artículo 3 de la Ley 30/1992, de Régimen Jurídico de las Administraciones Públicas y del Procedimiento Administrativo Común.

Cuando la propia Ley tributaria -TRLIS- que regula el impuesto sobre sociedades y, dentro de él, una deducción en la cuota íntegra por actividades de investigación y desarrollo e innovación tecnológica, en su artículo 35, somete la apreciación del presupuesto de hecho, en tanto alberga nociones científicas o técnicas necesitadas de conocimientos especializados, en posesión de personas imparciales, a la posibilidad de que el contribuyente pueda pedir, obtener, y valerse de informes que el art. 35.4 TRLIS asigna al Ministerio de Ciencia e Innovación, está al mismo tiempo declarando que el contenido de tal informe vinculante, que en esa versión de la ley no queda restringido en su contenido, alcance ni efectos, como hemos visto, no puede ser contradicho, discutido ni arrumbado por los órganos de la Administración fiscal, pues con ese proceder quedaría vulnerada frontalmente la ley que preceptúa que el informe es vinculante, nota esencial que ha sido orillada por la sentencia recurrida, en la medida en que hace suyo un informe interno de la AEAT que obró prescindiendo de una norma legal que le obligaba.

Cabe añadir que, al margen de ese patente desconocimiento del valor vinculante del informe que le asigna la norma legal, el hecho de que el otro que se le ha tratado de oponer, de forma antagónica, lo haya sido por personas cuya solvencia profesional y técnica no conocemos y que, además, se insertan en la propia Administración -y en el órgano comprobador-, no hace sino añadir nuevas razones para complementar las que ya de por sí serían suficientes para desdeñar la regularización afrontada, nula por infracción legal, las que atienden al diseño legal de cómo, bajo el TRLIS, debían acreditarse los requisitos de los proyectos y sus inherentes inversiones y gastos, que la regularización no ha observado.

15. El auto de admisión recuerda un antecedente jurisprudencial, contenido en la sentencia de esta Sección 2.ª, de 12 de enero de 2014 (casación para unificación de doctrina n.º 843/2012), sobre la deducción por inversiones en I+D en el mismo impuesto sobre sociedades, en que se declaró que, existiendo subvenciones, ha de ser la Administración la que tiene que justificar que no concurren los requisitos establecidos, razonando así:

"[...] Por otra parte, para aplicar la deducción del artículo 35 [TRLIS] los sujetos pasivos que hayan formulado una consulta pueden aportar informe motivado emitido por el Ministerio de Ciencia y Tecnología o por un organismo adscrito al mismo, relativo al cumplimiento de los requisitos científicos y tecnológicos exigidos en el párrafo a) del apartado 1 de dicho art. 35 para calificar las actividades del sujeto pasivo como investigación y desarrollo, o en el párrafo a) de su segundo apartado, para calificarlas como innovación tecnológica, t eniendo dicho informe carácter vinculante para la Administración Tributaria; ocurriendo lo mismo cuando los sujetos pasivos hayan solicitado la adopción de un acuerdo previo de valoración".

Sin embargo, la norma tributaria aplicable al caso estaba muy lejos de establecer un sistema de prueba preconstituida que hiciera depender la calificación de los gastos realizados por la actividad investigadora de la entidad contribuyente del previo reconocimiento de expertos, surgiendo en este caso la cuestión de a quién corresponde la prueba de la concurrencia de los conceptos jurídicos indeterminados que contempla la ley, cuando las entidades implicadas han recibido de otros Departamentos subvenciones públicas por los proyectos controvertidos.

[...] En esta tesitura, la Sala considera que procede confirmar el criterio que mantiene la sentencia de contraste toda vez que en la deducción controvertida, nos enfrentamos con conocimientos de carácter científico y técnico en orden a determinar cuando estamos ante la novedad de un proyecto, producto o sistema. Y esta situación que descansa sobre nociones que poseen un decisivo componente técnico valorativo, evidentemente sobrepasa el ámbito de los conocimientos científicos o técnicos, que cabe presumir bien en los funcionarios de los servicios de Inspección bien en los encargados de las funciones de revisión, si no cuentan con el auxilio técnico procedente fácilmente reclamable, conforme al artículo 40.2 c del RGIT de 1986, aplicable ratione temporis". La Inspección de los Tributos está asimismo facultada:

c) Para recabar el dictamen de Peritos. A tal fin en los Órganos con funciones propias de la Inspección de los Tributos podrá prestar sus servicios personal facultativo.

Por tanto, la regularización sólo puede basarse en un informe técnico, a cargo de la Administración que acredite que no nos encontramos ante una actividad de investigación o desarrollo, en el sentido marcado por la ley, siendo entonces cuando el sujeto pasivo ha de desvirtuar su contenido.

En definitiva, sin ese informe técnico, ni la Inspección, ni el órgano revisor pueden determinar si los proyectos cumplen los requisitos para el disfrute de la deducción".

Cabe también citar la Sentencia del Tribunal Supremo de 13 de febrero de 2015 (rec. casación n.º 918/2013).

16. En este caso, como hemos visto, la sociedad aplicó la deducción en la cuota del IS, ejercicio 2011, contando a su favor con los informes motivados de la Subdirección General de Fomento de la Innovación Empresarial -órgano del Ministerio de Ciencia e Innovación en el momento del informe-, cuyo contenido técnico-científico cumple con los estándares de excelencia exigidos.

No es de menor importancia el hecho de que la sentencia aquí objeto de impugnación casacional hubiera cambiado su criterio (siguiendo la línea que arranca de su SAN de 23 de noviembre 2022, recurso n.º 637/2019), concluyendo que las actividades de innovación tecnológica realizadas, consistentes en el desarrollo de software y aplicaciones informáticas, no se subsumirían en el artículo 35.2.b) del TRLIS, a pesar de que el proyecto al que corresponden haya merecido la calificación de innovación tecnológica por los informes motivados. Esa opinión interesada del EAI colisiona frontalmente con lo informado por el Ministerio y respecto del núcleo de su contenido calificador, habilitante de la deducción que está en juego.

Es decir, la sentencia recurrida, como sus precedentes en asuntos equivalentes, reconoce que el cambio de criterio obedeció, en su día, a la convicción que obtuvo como resultado de la opinión del Equipo de Apoyo Informático -EAI- vertido procesalmente, aunque no lo haya sido en este caso. O sea, la Sala juzgadora ha supeditado la validez de la deducción por innovación tecnológica a las conclusiones y aclaraciones del EAI -que en el caso actual se vierte en documento emitido por un solo funcionario-, obviando los informes vinculantes del MICINN, a pesar de su relevancia técnica y sus efectos. Entre sus razonamientos, la sentencia no explica convincentemente cuál sería, en su criterio, el valor, alcance y límites del informe técnico vinculante del ministerio con competencia en materia de ciencia.

QUINTO.- Jurisprudencia que se establece.

Teniendo en cuenta las reflexiones que se han ido expresando, las cuales abarcan una numerosa serie de problemas jurídicos que pueden resumirse bajo la rúbrica común del valor probatorio de ciertos informes administrativos que contradicen las conclusiones de otros que la ley califica como vinculantes, estamos en disposición de consignar la doctrina que se establece, en respuesta a las interrogantes que formuló el auto de admisión:

1.- La primera pregunta es la siguiente:

"[...] Determinar si, en virtud de un informe emitido por el equipo de apoyo informático -dependencia interna de la propia AEAT-, la Administración tributaria puede considerar que los gastos derivados de la realización de actividades que tengan por objeto el desarrollo de software y aplicaciones informáticas no son aptos para la deducción por actividades de innovación tecnológica en la cuota íntegra del impuesto sobre sociedades, aun cuando se trate de proyectos calificados como de tal innovación tecnológica por el Ministerio competente en materia de ciencia, en virtud de dictamen vinculante...".

a) En el ámbito temporal de aplicación del TRLIS de 2004, el informe a que se refiere el art. 35.4 de dicho cuerpo legal para la deducción por innovación tecnológica vincula a la Administración tributaria en todos sus aspectos, es decir, no solo en lo referente a la calificación del proyecto como integrante de tal concepto, sino también en las inversiones y gastos que, presentados ante el órgano al que se consulta, hayan sido objeto de evaluación positiva.

b) En particular, tales informes vinculantes no pueden ser rebatidos ni ignorados por los órganos de la Administración tributaria, ni en la calificación de los proyectos como merecedores de la deducción fiscal ni en lo relativo a los gastos incluidos en el proyecto o proyectos y acompañados a la consulta.

c) Basta con la consideración, a este respecto, de que el informe vinculante -para la Administración- a que se refiere el citado artículo 35.4 TRLIS incorpora todos los elementos precisos para que la sociedad a quien beneficia pueda aplicar la deducción en la cuota íntegra del impuesto sin temor a ser corregida por ulteriores opiniones de los órganos internos de la Administración.

2.- La segunda pregunta es la siguiente:

"[...] Dilucidar el alcance que puede tener, para negar absolutamente toda deducción por innovación tecnológica, el hecho de que tal calificación ya viene dada, de modo vinculante, por la propia Administración del Estado en cuyo seno se integra la AEAT y, en concreta, la unidad informática mencionada".

La respuesta a esta cuestión puede entenderse integrada en la doctrina formulada a la primera, sin perjuicio de considerar que la razón determinante de la improcedencia de la sentencia examinada radica en la aceptación incondicionada en ella de la tesis que sustenta en el proceso la AEAT, teniendo en cuenta que la pregunta incorpora una vertiente del problema examinado a la que nos hemos referido, la de que, partiendo de esa naturaleza vinculante del informe del Ministerio de Ciencia y Tecnología, que la Administración debe respetar, nada puede ser y no ser al mismo tiempo, lo que traducido a las características de este asunto, equivale a decir que la misma Administración, a través de distintos órganos y dependencias, no puede sostener que una actividad constituye innovación tecnológica y no lo constituye; que una deducción fiscal es procedente y, a un tiempo, no lo es; que un informe que la ley reputa vinculante, sin límites, no es vinculante porque puede ser privado de su valor y eficacia.

3.- La tercera pregunta es la siguiente:

"[...] En relación con las preguntas anteriores, determinar si cabe enervar el valor probatorio del dictamen vinculante del Ministerio referido, al margen de su efectivo alcance y efectos, mediante un documento interno de sus propios funcionarios que no ha sido presentado por la Administración como prueba pericial en el proceso y no ha sido sometido a contradicción de las partes en ese mismo proceso [...]".

El enfoque de esta pregunta atiende primordialmente al modo de haber creado la Administración la prueba, o auto prueba, que elimina el valor vinculante del informe. También en relación con esta cuestión, aunque podemos remitirnos a la doctrina fijada para la primera de ellas, se puede completar de este modo:

a) Un dictamen de la Administración que reconoce un derecho, o los requisitos para gozar de un derecho, vinculante por ministerio de la Ley para la Administración emisora -en un sentido amplio y omnicomprensivo-, no puede ser refutado mediante otro informe contrario de la propia Administración.

b) Aun cuando tal contradicción, en casos sumamente excepcionales de apreciación arbitraria o ilógica -que en este caso no son concurrentes- pudiera ser hecha valer por la Administración fiscal mediante prueba, sobre lo que no nos pronunciamos, no es aceptable la prueba autocreada en su seno mismo.

c) En tales condiciones, esto es, aun cuando se aceptara a efectos dialécticos que es posible tal prueba, no puede revestir la forma de prueba meramente documental ni ser presentada a un Tribunal de justicia entre los documentos que se integran en el expediente administrativo.

d) En particular, el informe del EAI no procede de un órgano independiente de la Administración demandada en la instancia y recurrida en esta casación, ni está a cargo de funcionarios que posean un margen de independencia o autonomía funcional que les haga imparciales en sus conclusiones.

e) Dicho equipo no consta, más bien se infiere lo contrario de la resolución que lo crea -de 26 de diciembre de 2005, de la Presidencia de la AEAT-, que posea conocimientos técnicos y científicos necesarios para opinar sobre la calificación de los proyectos como innovación tecnológica, sobre los gastos e inversiones que determinan la base de la deducción y, en suma, sobre el acierto o desacierto de un informe especializado de un Ministerio competente en materia de ciencia al que la ley le atribuye carácter vinculante para la Administración.

Todo lo anterior conduce a la declaración de que ha lugar al recurso de casación y, casada la sentencia, a la estimación del recurso contencioso-administrativo de instancia, dado que la sentencia ha sido dictada con infracción del ordenamiento jurídico, en los términos que se han expresado.

SEXTO.- Pronunciamiento sobre costas.

En virtud de lo dispuesto en el artículo 93.4 LJCA, al no haber mala fe o temeridad en ninguna de las partes, no procede declaración de condena al pago de las costas causadas en este recurso de casación. Respecto de las generadas en la instancia, cada parte abonará las suyas y las comunes por mitad.

F A L L O

Por todo lo expuesto, en nombre del Rey y por la autoridad que le confiere la Constitución, esta Sala ha decidido:

1.º) Fijar los criterios interpretativos sentados en el fundamento jurídico quinto de esta sentencia.

2.º) Ha lugar al recurso de casación deducido por CECABANK, S.A. contra la sentencia de 23 de noviembre de 2022, dictada por la Sección Segunda de la Sala Contencioso Administrativo de la Audiencia Nacional en el recurso n.º 431/2020, sentencia que se casa y anula.

3.º) Estimar el recurso n.º 431/2020, deducido contra la resolución del Tribunal Económico-Administrativo Central de 3 de diciembre de 2019, que desestimó la reclamación interpuesta por Cecabank, S.A. contra la liquidación dictado por la AEAT en concepto de Impuesto sobre Sociedades del ejercicio 2011, anulando las citadas resoluciones, por ser contrarias al ordenamiento jurídico, así como reconocer la procedencia de la deducción por actividades de innovación tecnológica declarada por la sociedad en su autoliquidación.

4.º) No hacer imposición de las costas procesales, ni de las de esta casación, ni las causadas en la instancia.

Notifíquese esta resolución a las partes e insértese en la colección legislativa.

Así se acuerda y firma.

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